Le Conseil Scientifique a pour mission d'animer la vie scientifique de la société savante, d'organiser un congrès scientifique annuel en connexion avec un comité d'organisation local, d'assurer le contact avec les autres sociétés savantes, de valider la mise en place des groupes de travail et de contribuer à l'organisation d'études multicentriques en lien avec les pilotes des groupes de travail. Le Conseil Scientifique contribue à l'élaboration du programme scientifique des journées EFI en collaboration avec le comité local d'organisation.